Sektor Operasi terdiri daripada 8 bahagian yang menjadi teras utama kepada Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia seperti berikut:

• Bahagian Siasatan
• Bahagian Operasi Khas
  
• Bahagian Perisikan
• Bahagian Pencegahan Pengubahan Wang Haram
• Bahagian Forensik Teknologi
  
• Bahagian Perundangan Dan Pendakwaan
• Bahagian Pengurusan Rekod Dan Maklumat
• Bahagian Analisa Kewangan

Kesemua bahagian ini memainkan pelbagai peranan penting dalam menggerakkan sektor operasi Bahagian antaranya seperti menjalankan siasatan, mengumpul maklumat, memberi khidmat bantuan forensik, memproses dan menguruskan maklumat serta mengendalikan kes-kes perbicaraan. Sektor Operasi adalah diletakkan di bawah portfolio Timbalan Ketua Pesuruhjaya (Operasi). Secara ringkasnya peranan setiap Bahagian adalah seperti di bawah. 

Bahagian Siasatan memainkan peranan yang terpenting dalam misi membanteras jenayah rasuah dengan mengendalikan tugas penyiasatan. Sebagaimana yang digambarkan oleh namanya, peranan Bahagian ini tertakluk kepada seksyen 7 subseksyen (a) dan (b) Akta Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia (ASPRM) 2009.

Bahagian Operasi Khas menyiasat kes-kes yang berprofil tinggi dan berkepentingan awam tertakluk kepada Akta Suruhanjaya Pencegahan Rasuah Malaysia 2009 (ASPRM) dengan penggunaan Pengurusan Siasatan Berkesan (EIM) dan Pengurusan Siasatan Berpasukan (MTI) bagi memastikan keberhasilan siasatan untuk meningkatkan tahap keyakinan rakyat terhadap kewibawaan SPRM sebagai agensi terunggul dan relevan pencegahan rasuah.

Bahagian Perisikan berperanan sebagai pusat pengumpulan maklumat. Pengumpulan maklumat di Bahagian Perisikan mencakupi pelbagai sumber dan menerusi pelbagai kaedah dan teknik terkini.

Bahagian Pencegahan Pengubahan Wang Haram bertanggungjawab dalam menjalankan siasatan di bawah Akta Pencegahan Pengubahan Wang Haram, Pencegahan Pembiayaan Keganasan dan Hasil Daripada Aktiviti Haram 2001 (AMLATFPUAA). Bahagian ini dibahagikan kepada 4 Cawangan utama iaitu Cawangan AMLA, Cawangan Sasaran Operasi (OTC), Cawangan Pelucuthakan Harta (FOP) dan Cawangan Perancangan dan Penyelarasan (Urusetia).

Bahagian Forensik Teknologi merupakan Bahagian yang bertanggungjawab di dalam mengendalikan bantuan sokongan forensik terutamanya melibatkan Sektor Operasi dan memberi nasihat forensik yang sewajarnya.

Bahagian Perundangan dan Pendakwaan merupakan Bahagian yang bertanggungjawab mengendalikan perbicaraan serta rayuan kes-kes rasuah dan penyalahgunaan kuasa di Mahkamah. Pendakwaan dilaksanakan secara adil dan memenuhi tahap pembuktian mengikut keperluan undang-undang. Bahagian ini juga meneliti Kertas Siasatan yang dikemukakan oleh Bahagian Siasatan untuk keputusan dan tindakan lanjut serta memberi nasihat perundangan yang sewajarnya.

Bahagian Pengurusan Rekod dan Maklumat bertanggungjawab untuk menerima dan memproses maklumat, mengendalikan dan mengurus dokumen-dokumen operasi/terperingkat, memproses permohonan tapisan keutuhan dan pelupusan dokumen, menyediakan perangkaan dan statistik berkaitan SPRM serta bertanggungjawab memberi khidmat bantuan teknikal dan khidmat nasihat kepada pengguna yang berkaitan dengan permasalahan sistem komputer. 

Bahagian Analisa Kewangan bertanggungjawab menjalankan fungsi sokongan siasatan yang berbentuk khidmat analisa kewangan untuk membantu penyiasatan kes-kes kompleks di bawah ASPRM 2009, AMLATFPUAA 2001, Kanun Keseksaan dan lain-lain undang-undang yang berkaitan.